Je-li rekuperační systém zvolený pro daný objekt vhodně a je-li kvalitně realizovaný, skutečně přinese majiteli objektu efektivnější energetickou bilanci a z ní plynoucí finanční úsporu. Míra této úspory závisí na celé řadě parametrů, mezi které patří typ rekuperační jednotky a rekuperačního výměníku, průtoku vzduchu, stejně jako na dalších energetických parametrech objektu. Největší význam má u starších objektů s vysokými náklady na vytápění, menší potom u nízkoenergetických pasivních domů. Vzhledem k tomu, že rekuperační systémy jsou osazeny filtry, které odstraní z přiváděného vzduchu prach či pyl, lze říci, že dochází ke zvyšování kvality přiváděného vzduchu. Průběžné větrání navíc snižuje vlhkost a snižuje tak riziko vzniku plísní.

První a nejviditelnější nevýhodou rekuperačního systému je jeho vysoká pořizovací cena. I s ohledem na to, že mnohé levnější jednotky jsou méně kvalitní a vykazují nižší rekuperační účinnost, není v tomto ohledu šetření na místě. Počítat je také třeba s tím, že rekuperační systém potřebuje pravidelnou a pečlivou údržbu, která zahrnuje častou výměnu filtrů (cca každé 3 měsíce) i čištění přívodu a odvodu vzduchu. Dalším problémem může být zkombinování rekuperačního systému s prvky jako je krb nebo kuchyňská digestoř, které narušují rovnováhu tlaků na přívodu a odvodu vzduchu.